Mlini su staro povijesno naselje Molina. Bili su središte mlinarskog obrta, a u davnini su se često spominjali jer je odavde prije izgradnje vodovoda odvođena voda u Dubrovnik, osobito u ljetnim mjesecima kad je bila suša. U XIV. stoljeću dva su broda redovito vozila vodu za piće iz Mlina u Dubrovnik. Zahvaljujući obilnim izvorima na kojima su izgrađeni mlinovi i samo je mjesto dobilo ime. Od nekadašnjih mlinova danas je dobro sačuvan tek jedan.
Serafin Razzi u povijesti Dubrovnika piše o ovom kraju: "Na kraju ove doline, koju nazivaju Župom, neki Francuz, koji tu pristade sa svojim brodom i čije se ime ne zapamti, opazi kako nedaleko od obale, iz strane krševita i kamena brda obilno i bujno izvire slatka voda, pa doskora dade napraviti nekoliko velikih mlinova za mljevenje žita. Voda toga izvora nakon manje od pola milje, u more utječe".
Na najstarijem lokalitetu u Mlinima nalazi se župna crkva sv. Ilara "sancti Hylacrioni", što potječe od grčke riječi ilaros, odnosno latinske hilaris što znači veseo, radostan, vedar, a koja se spominje u dubrovačkom Statutu iz 1272. godine. Ova stara crkva s grobljem "koja se spominje od pamtivijeka, starija je nego dokumenti o njoj. Stare je domaće kronike spominju 1164. godine". Tijekom stoljeća rušena je i stalno obnavljana. Teško je stradala, osobito u potresu 1667. godine, a obnovljena je 1683. godine u baroknom stilu. Ponovno je oštećena u potresima 1823. i 1824. godine. Prema staroj legendi sv. Ilar, pustinjak i svetac, podrijetlom Palestinac ubio je zmaja na obali Mlina i oslobodio ovaj kraj od poganstva. Tako je sv. Ilar pokrstio Ilire u IV. stoljeću. Iliri su prema povijesnim izvorima bili pastiri i plašili su se zmija. U čast sv. Ilara izgrađena je crkva i tako on postaje zaštitnik Mlina, a na velikom zvonu koje je njemu posvećeno piše: "Napominjem narodu sv. Ilare da si zmaja poganstva ovdje uništio. MCMXXV".